Missionário presbiteriano nas Ilhas do Pacífico Sul (Vanuatu). Escocês, foi grandemente influenciado pela piedade de seu pai. Na Universidade de Glasgow estudou teologia e medicina. Era apaixonado pela pregação do Evangelho. Por 10 anos (1847-1857) serviu como missionário nos subúrbios de Glasgow.

Foi ordenado ao ministério em 1858, casou-se com Mary Ann Robson e, no mesmo mês, partiram para as Ilhas. Estabeleceram-se em Tanna, ilha habitada por nativos canibais. Em 1859 sua esposa faleceu ao dar à luz e, no mês seguinte, faleceu a criança. Apesar do luto devastador e dos perigos, John Paton continuou firmemente seu trabalho.

Durante um ataque dos nativos em 1862, foi resgatado por um navio que chegou a tempo de levá-lo para Aneityum (ilha próxima). De lá partiu para Austrália, Nova Zelândia e depois Escócia, a fim de incentivar a obra missionária nas Ilhas do Pacífico Sul e angariar dinheiro para construção de um navio a vapor que ajudasse ele e outros na evangelização das Ilhas.

Na Escócia, além de se tornar moderador do Sínodo da Igreja Presbiteriana e conseguir 7 novos missionários para as Ilhas, casou-se com Maggie Whitecross. Em 1866 o novo casal desembarcou na Ilha Aniwa – a mais próxima de Tanna. Lá viveram numa cabana enquanto construíam sua casa. Construíram também outras duas para crianças órfãs. Posteriormente, uma igreja e edifícios foram erguidos. Em Aniwa 6 dos 10 filhos nasceram, mas 4 morreram ainda infantes. Seu 3º filho do matrimônio com Maggie, Francis Paton, tornou-se missionário nas mesmas Ilhas (1896-1902).

As conversões foram acontecendo e a primeira ceia ocorreu em 1869. John aprendeu a língua e a grafou. Maggie ensinou uma classe de mulheres e meninas que se tornaram especialistas em costura e confecção de chapéus e também lhes alfabetizou. Apesar das privações, das ameaças e perigos por parte dos nativos e das doenças, continuaram seu trabalho e depois de anos de perseverante ministério, viram todos os habitantes da ilha professar o Cristianismo.

Em 1899 imprimiu na língua local o Novo Testamento e viu o estabelecimento de missionários em 25 das trinta Ilhas do Pacífico Sul. Ao longo dos anos, nalgumas ocasiões John visitou a Austrália (onde foi eleito moderador da Igreja Presbiteriana), Grã-Bretanha, Nova Zelândia, EUA e Canadá. Sua esposa Maggie morreu em 1905 e John em 1907. Ambos estão enterrados em Vitória (Austrália). No Seminário Presbiteriano de Vitória, na Austrália, a classe de teologia é conhecida como classe John Paton.